藿香正气水是不能用来治疗脚气的，这种药物的作用是解表化湿、理气和中，主要适用于内伤湿滞、夏伤暑湿或者是外感风寒所导致的感冒。而脚气则需通过抗菌药、角质剥脱剂、抗生素药来进行治疗。脚气可以用抗菌药来治疗，常见的有米糠唑类、丙烯胺类等。脚气也可以通过抗生素来治疗，如伊曲康唑。伊曲康唑是口服类的药物，主要适用于脚气面积较大、外用治疗效果欠佳、病情反复的患者。
