治疗腹泻的药，主要有肠黏膜保护剂、调节肠道内菌群的药物以及抗生素类药物等。
腹泻会使肠黏膜受到损伤，有较多渗出，因此可以用肠黏膜保护剂进行治疗，常见的药物是蒙脱石散、硫糖铝咀嚼片、肠炎宁胶囊等。通过服用这些药物可以起到保护肠黏膜的作用，减少肠黏膜损伤，改善腹泻症状。
腹泻发生时，肠道菌群容易发生紊乱，会导致有害菌数量增加，有益菌数量减少，可以应用调节肠道内菌群的药物来治疗，如双歧杆菌三联活菌胶囊、双歧杆菌四联活菌片、双歧杆菌乳杆菌三联活菌片等，能改善肠道菌群失衡，治疗腹泻。
腹泻症状的产生与肠道感染也有密切的关系，如果肠道受到细菌感染，需要应用抗生素类药物治疗，如阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片、诺氟沙星片等。通过应用这些药物可以控制肠道内的细菌繁殖，减轻对肠黏膜的刺激，腹泻症状也会缓解。
