肠结核后遗症之一是肠梗阻，一般是慢性进行性肠梗阻，少数可发展成完全性肠梗阻。还包括肠穿孔，以慢性肠穿孔和亚急性肠穿孔为主。此外，部分患者还会有腹膜炎后遗症。
1、肠梗阻
溃疡性肠结核由相邻的腹膜粘连引起常弯曲被拉动、抑制和压迫，也可能由于肠道溃疡愈合引起的瘢痕收缩或阻塞引起肠道狭窄，进而引发肠梗阻。一般是慢性进行性肠梗阻，轻重程度不一，少数可发展成完全性肠梗阻。
2、肠穿孔
肠穿孔发病率仅次于肠梗阻，一般是慢性肠穿孔和亚急性肠穿孔，其中亚急性肠穿孔最为多见。肠穿孔发生后，腹腔内会形成囊肿，囊肿一旦溃破，易引发肠瘘。
3、腹膜炎
部分肠结核患者还会出现腹膜炎，从而导致严重的全身中毒反应和血压下降。若没有及时进行治疗，患者会因鼻中毒性休克而死亡。
