色素痣可以通过外科手术、冷冻治疗、激光手术等方式祛除。
1.外科手术：利用外科手术彻底切除病变组织。小痣切除后，通常可直接缝合，不能直接缝合时，则在痣中央分次切除，直至病变组织完全清除，手术后根据病变色素痣的部位与大小，在医生的指导下用局部皮瓣，转移皮瓣或植皮法覆盖处理创面。
2.冷冻治疗：临床上常用液氮冷冻法。利用液氮不易爆、不易燃、沸点低等特点，对病变组织处以极短时间(约30～60秒)冷冻，几分钟就可解冻。一般色素痣冷冻一次就可痊愈，色素痣厚大的要多次冷冻才可痊愈。
3.激光手术：可在数分钟至数十分钟内无需麻醉完成一次治疗，2～3个月后进行下一次治疗。治疗过程中，患者需注意保护眼睛，以免被激光伤害。
除以上相对常见方式外，还可以采取其他手术方式，如微晶磨皮手术。建议患者前往正规医院进行手术，在术后可以在医生的指导下使用五妙水仙膏、维A酸乳膏点涂，加快皮肤修复。
