常见引起灰指甲的真菌约有十余种，每种真菌都可能产生很多种毒素。所有真菌可产生的毒素可达百余种，其中许多毒素毒性极强且可能致癌。如黄曲霉菌分泌的黄曲霉毒素的毒性比剧毒药氰化钾还要毒，极易致癌。
灰指甲可能导致手指、脚趾畸形，严重者可能导致手、脚功能障碍，严重影响日常生活。特别是糖尿病人，脚趾甲的感染可能导致严重的糖尿病足，导致足末端坏死，最终必须截肢。
灰指甲可能作为传染源而引起其他皮肤感染，造成手足癣、体癣、股癣、丹毒等严重的皮肤病。甲真菌还可以侵入内部器官，引起其他组织器官感染。女性灰指甲患者可能患霉菌性阴道炎，严重威胁健康。
