再生障碍性贫血的预后因骨髓衰竭的程度、患者的年龄、治疗是否及时以及所采用的治疗方法等因素而各不相同。
急性型再障，起病急骤，病情发展迅速，骨髓中造血细胞严重缺乏及伴有严重感染或出血，尤其是颅内出血。若不采取积极有效的综合治疗或骨髓移植，预后很差，病死率高达90%以上。
多在起病后一年内死亡，严重者可在数月甚至数周内死亡。
慢性型再生障碍性贫血，由于采用适当的治疗，病人的骨髓增生过低和全血细胞减少较轻，病情稳定，不再发展也不再进步，这类病人可生存多年，甚至20年以上。约1/4患者治疗无效，病情恶化死亡。
儿童患者预后较好，药物治疗的疗效高于成人。早治疗比晚台疗的疗效要好。支持疗法可改善病人的体质，防止出血和感染，对延长生命以待骨髓功能逐渐恢复具有重要的意义。致死的主要原因是严重感染和颅内出血。
治疗得当，少数病人可完全恢复；尚有部分病人经过几月或几年，血和骨髓象有较明显进步，但不能完全恢复正常。
