母乳喂养引起腹泻，可能是母乳中的前列腺素含量较高，这种物质促进小肠平滑肌运动，增加水和电解质的分泌而产生稀便。
母乳性腹泻的原因可能是小儿对乳糖不耐受，体内缺乏乳糖酶。乳糖不耐受分原发性和继发性两类，可用醋酸铅法测定患儿粪便中乳糖量以初筛，再用去乳糖饮食后迅速见效来证实。
出现所谓生理性母乳性腹泻时，妈妈大可不必过于着急，不要为了大便成形而改喂牛奶，如果单纯为了形成大便，而改喂牛奶，反倒不利于孩子的吸收，容易造成营养不良，导致饥饿性腹泻。
