熟黄芪最常见的副作用就是迅速出现“上火”症状，例如面红、心烦、睡眠差或失眠、咽痛、血压升高或头晕等，甚至使病情加重或逆转病势。
临床上，一般人经常单独使用黄芪进补或一次性大量进补，那是没病找病或加重疾病的危险行为。使用黄芪进补，一般要由少逐渐增加，边服边观察有无上火的表现或身上原有疾病有无加重或是否出现闷、痛的感觉，一旦有则应停用或配药才能用。如果乏力、多汗或气喘等症状减轻，精神和体力改善而又无上述副作用，可增加用量。
更安全的办法则是先用党参，有效而无副作用后再加用或改用黄芪，使用黄芪时采用逐步加量的办法，以身体能耐受而无副作用为度。最安全的办法是配方使用。
肾病、阴虚，湿热、热毒炽盛者用黄芪一般会出现毒副作用，应禁用。因为阴虚患者服用黄芪会助热，易伤阴动血；而湿热、热毒炽盛的患者服用容易滞邪，使病情加重。如果必须服用黄芪，一定要配伍运用。
阴虚的表现具体有：手足心热、口咽干燥、腰酸腰痛、潮热盗汗、失眠多梦、舌质红无苔、脉细数等。湿热的表现：有口苦、口干、舌苔黄腻等。热毒炽盛的表现：有各种化脓性感染，如痤疮感染、咽部感染、腹膜炎等，表现为满面通红、咽红、咽干、咽痛、口苦口干、唇舌红绛、舌苔黄燥、脉滑数等。
